3.01 No Man's Land / Niemandsland
Zwei Basisschiffe der Wraith sind auf dem Weg zu einem neuen Weidegrund: der Erde...
3.02 Misbegotten / Ein schlechter Plan
Sheppard und sein Team lässt menschlichen Wraith auf einem Planeten frei um ihnen dort ein normales Leben zu ermöglichen...
3.03 Irresistible / Der Zaubertrank
Ein Mann namens Lucius Lavin wird von allen verehrt. Auch Sheppards Team wird in seinen Bann gezogen...
3.04 Sateda / Sateda
Ronon Dex wird von den Wraith gefangen genommen und zu seiner Heimatwelt zurückgebracht. Er soll ihnen erneut als 'Läufer' dienen...
3.05 Progeny / Der Bruderstreit
Weir und das Team besuchen eine fortschrittliche Zivilisation. Es stellt sich heraus, dass sie vor Jahrtausenden Atlantis verlassen haben...
3.06 The Real World / Atlantis ruft
Dr. Weir wacht in einer psychiatrischen Klinik auf. Ihre Erinnerungen an das Stargate und Atlantis halten die anderen für bloße Fantasien...
3.07 Common Ground / Ein ungewöhnlicher Verbündeter
Sheppard wurde von den Genii gefangengenommen. Auch ein einzelner Wraith sitzt mit ihm in einer Zelle...
3.08 McKay and Mrs. Miller / Der doppelte Rodney
McKay stattet seiner Schwester Jeannie auf der Erde einen Besuch ab und macht Bekanntschaft mit einem Doppelgänger...
3.09 Phantoms / Phantome
Sheppard und Ronon kommen bei einer Mission mit Wraithtechnologie in Kontakt. Kurz darauf verhalten sich sich ungewöhnlich...
3.10 The Return (1) / Die Rückkehr (1)
Die früheren Bewohner von Atlantis kehren in die Stadt zurück: Die Antiker. Allerdings sind sie nicht freundlich gesinnt...
3.11 The Return (2) / Die Rückkehr (2)
O'Neill und Woolsey wurden von den Asuranern, die Atlantis eingenommen haben, gefangengenommen...
3.12 Echoes / Die Warnung
Dr. McKay arbeitet an einer Methode um mit den Walen im Meer zu kommunizieren. Dabei macht er eine erstaunliche Entdeckung...
3.13 Irresponsible / Koylas Ende
Sheppards Team trifft in einem Dorf, erneut auf Lucius Lavin. Er hat vor das Dorf anzugreifen...
3.14 Tao of Rodney / Rodneys Tao
Durch Rodneys übermäßige Lässigkeit aktiviert sich versehentlich eine Maschine, die Dr. McKay gerade bezüglich ihrer Funktion untersuchen wollte.
3.15 The Game / Das Spiel
McKay und Sheppard probieren ein Spiel der Antiker aus. Doch das hat schwerwiegende Folgen...
3.16 The Ark / Die Arche
Sheppards Team erkundet eine offenbar verlassene Raumstation. Doch schon bald finden sie eine Wraith-Maschine...
3.17 Sunday / Ein freier Tag
Der freie Tag der Manschafft von Atlantis wird durch eine große Explosion unterbrochen...
3.18 Submersion / Untergetaucht
Da das ZPM nicht mehr unbegrenzt Energie zur Verfügung hat, begiebt sich das SG-A Team auf die Suche nach einer Alternative.
3.19 Vengeance / Rache
Das Atlantis Team hat einem Volk bei der Umsiedlung geholfen. Diese sind plötzlich alle verschwunden.
3.20 First Strike (1) / Der Angriff
Dr. Weir und ihr Team scheitern, die Replikatoren zu vernichten. Nun müssen Konsequenzen gezogen werden.
